1644年12月，李自成的顺军在潼关被以阿济格为首的西路清军击败，被迫经襄阳逃入湖北，次年四月入武昌，再次被追击而至的清军击败，五月初在江西再败，后在湖北通山县南九宫山一带被明朝地方团练杀死，一代枭雄至此陨落。

李自成死后没多久，以多铎为首的东路清军也顺利攻克了南明江北重镇扬州，并屠城十日，扬州军民被杀者八十余万，尸骨相枕头，凌乱伏于四野。

又几日，兵临南京城下，弘光帝朱由崧闻讯带着马士英和少数中官仓惶出逃至芜湖镇将黄得功处寻求庇护。

1645年5日，洪武门大开，武臣以忻城伯赵之龙、保国公朱国弼、灵壁侯汤国祚、永康侯徐洪爵等为首的近二十位勋贵带着十万京营兵垂首迎降。

文臣除了钱谦益、王铎以外，还有大学士蔡奕琛、侍郎朱之臣、都御史李乔等，皆跪降，而翰、詹、科、道、部、寺官，投降者不可胜记。

其中自杀殉国的除了南京镇守太监韩赞周外，只有十二人，十二人中高品大员只有刑部尚书高倬一人，其余十一人皆是低品官员和没有官身的读书人，时人不由叹息：“国家无事，公卿大臣享其尊荣，不幸有变，儒生小臣奋其义烈！”

5月28日，在清军重兵压迫下，黄得功部将田雄、马得功策谋降清，黄得功见势不可为，自刎而死，弘光帝被田雄活捉，献给清军邀功，解至北京，凌迟处死，弘光政权覆灭。

多尔衮等满洲权贵至此以为天下已定，骄横不可一世，悍然撕下了伪善的面具，颁布剃发令，强制大明百姓剃发易衣冠，凡不愿剃发易服，打金钱鼠尾辫者，皆斩。

同时又颁布了其他的一系列民族压迫政策，如逃人法、圈地和投充等。

大明百姓流离失所，成奴成婢，悲惨以极，哭啼之声响彻中国各地。

明儒顾炎武有言：“异姓改号者，谓之亡国；仁义充塞而至于率兽食人，人将相食，此，谓之亡天下！”

在满清惨无人道的政策下，原本简单的改朝换代瞬间演变成了民族压迫，异族侵略的矛盾迅速激化，大江南北，乃至于黄河两岸一夜之间义旗遍布，江阴百姓率先揭竿而起，举旗抗清，在数万清军的围攻下死守县城八十三日，后遭清军屠城，全城十万百姓被屠得只剩下老幼五十三人。

明廷一方，自弘光帝被俘后，明臣们又推举潞王朱常汸监国，不久潞王在杭州降清，大海枭郑芝龙趁机拥立避居在福建的废唐王朱聿键称帝，建号隆武，不到一年也被清军灭了。两浙、福建先后沦陷。

等到了1646年10月，永历登基称帝时，大明的南北诸省份大都已沦陷，形势已是十分危急。